家族で旅行に行った話

どちらかというと自分が出不精な性格であまり遠出しないタイプなのですが、この連休は家族や、子供の友達の家族と小田原の方に遊びに行きました。
昨日は小田原のわんぱくランドhttp://www.city.odawara.kanagawa.jp/public-i/park/wanpaku/というところに行ってきました。
駐車料金だけで入場料とかはかからないし、色々遊具があるので、アクティブに遊びたい家族にはいい場所かもと思います。
ただ、昨日は天気良すぎて暑いこと暑いこと、、、一緒になって遊んでるとこっちがやられてしまいそうになってきた。
暑い中ずーっと走り回って遊んで、ホテル行ってからもずっとハイテンションで花火して一瞬で寝てしまったようだ。
今日は今日で朝からプール行って公園行ってずーっと遊び通し。子供が成長して体力がついてくるのと逆にこっちはどんどん体力がなくなってくるのでしんどいしんどい。
負けないように走り込みと筋トレしないと。。。。

Mishima.syk #10に参加した話

 今回で記念すべき10回目となるmishisima.sykに参加してきました。
 私は、機械学習+luigiを使ったパイプラインの話をしました。何かしら参考になる情報が提供できていればいいのですが。
今回は機械学習ネタ、バイオ系のネタ、パイプライン系のネタ、国内創薬業界のアイドルの話、さらにはAI(愛?)の話、美味しいお好み焼きの話など多岐にわたる話題がありました。
発表者の皆様、参加者の皆様、感じの皆様本当にありがとうございました。とても楽しい時間を過ごすことができました。
 今回もいつもながら発表者のプレゼンのクオリティが高くビビりました。面白くかつ本質をビシッと表現できるってのはやっぱり問題の本質をしっかり見据えてかつ、それを理解してないとできないことだと思います。
 私は普段シーケンスとかNGSみたいな仕事に関わることないので、MinIONなど初めて知りました。 あのサイズで、、、技術、科学の進歩ってすごいですね、、、
 有機合成でもFlow ChemistryやLab on chipなどありますし、集積化高速化は研究のキーになるところですかね。
勉強会中も懇親会でも色々と良いお話を聞くことができました。
まだまだ勉強全然たらん。明日から頑張ろうと思います。
また次回も開催したいですね。

ドッジボール

子供の頃ドッジボールよくやりました。最近長男がはまっている。公式ルールがあるなんて知らなかった。
https://www.dodgeball.or.jp/%E3%83%89%E3%83%83%E3%82%B8%E3%83%9C%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%A8%E3%81%AF/

そして長男くんは最近地区のドッチボールチームに入りました。本格的にやってるチームはアタッカーとか、カッターとか役割もあり当てればいいって雰囲気ではなくしっかりと戦略があるので面白いし、迫力がある。練習しっかりやって成長したら負けそう。

さて、
今日は地域の小学校で予選を勝ち抜いてきたチームの大会でした。
体育館はむちゃくちゃ暑かったが、みんな元気に最後までやってました。朝8時から16時くらいまで、、さらにそのあと公園で遊びだし、、、。

体力すでに負けてそうだ。いや、負けてる、、、

まあ、好きなこと見つけて熱中してくれるといいなと思う。
しかし子供はHPが0になるまで全力で遊ぶなぁ。

自分の仕事はなんぞや

といつもながら考える。
今のご時世、社内に限らず合成のリソースは確保できる。極論言えば、CMOの方が何かと雑多なことがないぶんだけ合成に割く時間が多いような気もします。
もちろん予算の兼ね合いはあるわけですが、in-houseでやるメリットとout sourcing するメリットを冷静に比べて判断することがより求められているご時世かと。
私は大学時代は天然仏前合成にがっつりのめり込んでいて、入社後も実験台好きでやってきましたがもうベンチに立つ時間も(というか全然)ほとんどなくなってしまいました。
かと言って分子設計にがっつり時間使っているかというとそうでもない。
創薬は総合競技。
ちゃんと自分の役割を考えないと、、、
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201210006/abstract

Compile LeapPython and Manipulate protein structure with Leap Motion.

I was interested in Kinect as input device, because Kinect can detect motion as input it feels feature. 😉
And some days ago, I got new input device “Leap Motion”.
The Leap Motion controller is a small USB peripheral device which is designed to be placed on a physical desktop, facing upward. ( from wiki )
I want to use this device with PyMol!
Let’s try it.
At first to use Leap Motion from python, user need to get Leapmotion SDK. My environment is OSX, so I got SDK v2.3 from developer site.
https://developer.leapmotion.com/sdk/v2
Installation is little bit complicated for me, because I want to use LeapPython library from virtual environment but the library is linked with native python.
So, I build or change dynamic link following procedure.

In Python2.7, I changed link with following command.

iwatobipen$ cd /somepath/LeapSDK/lib
iwatobipen$ otool -L LeapPython.so
LeapPython.so:
	/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Python (compatibility version 2.7.0, current version 2.7.0)
	@loader_path/libLeap.dylib (compatibility version 0.7.0, current version 2.3.1)
	/usr/lib/libSystem.B.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 1197.1.1)
	/usr/lib/libc++.1.dylib (compatibility version 1.0.0, current version 120.0.0)
# change Python link from native to anaconda
iwatobipen$ install_name_tool -change /Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Python /Users/iwatobipen/.pyenv/versions/anaconda-2.4.0/lib/libpython2.7.dylib LeapPython.so

In Python3.5, I compiled LeapPython.so using swig.
Newest swig will cause error, so I used swig version 3.0.3
I referred following url to do that. https://support.leapmotion.com/hc/en-us/articles/223784048-Generating-a-Python-3-3-0-Wrapper-with-SWIG-2-0-9
OK Let’s go

# Copy Leap.h, LeapMath.h, Leap.i, and libLeap.dylib into one folder. And type following command.
# Generate LeapPython.cpp withswig -c++ -python -o LeapPython.cpp -interface LeapPython Leap.i
iwatobipen$ swig -c++ -python -o LeapPython.cpp -interface LeapPython Leap.i
# Compile and link 
clang++ -arch x86_64 -I/Users/iwatobipen/.pyenv/versions/anaconda-2.4.0/include/python2.7 LeapPython.cpp libLeap.dylib /Users/iwatobipen/.pyenv/versions/anaconda-2.4.0/lib/libpython2.7.dylib -shared -o LeapPython.so

Now I got LeapPython.so linked each python version in anaconda.

Unfortunately, I could not install pymol in python3.5. Following code was run in python2.7. I installed pymol by using conda install command.
Pymol Wiki provided sample code to use Leap Motion from pymol. I used the example. I added “path” which placed LeapPython.so.
test.py

import sys
import math
from pymol import cmd
sys.path.insert( 0, '/Users/iwatobipen/develop/py2env/LeapSDK/build/')

import Leap
from Leap import Matrix, Vector

class PymolListener(Leap.Listener):
    def __init__(self, *args, **kwargs):
        super(PymolListener, self).__init__(*args, **kwargs)

        self.prev_frame = None

        self.controller = Leap.Controller()
        self.controller.add_listener(self)

    def __del__(self):
        self.controller.remove_listener(self)

        super(PymolListener, self).__del__()

    def update_view(self, frame):
        if not self.prev_frame:
            return

        view = list(cmd.get_view())

        if frame.rotation_probability(self.prev_frame) > 0.1:
            m = frame.rotation_matrix(self.prev_frame)
            m *= Matrix(Vector(*view[0:3]),
                        Vector(*view[3:6]),
                        Vector(*view[6:9]))
            view[:9] = m.to_array_3x3()

        if frame.scale_probability(self.prev_frame) > 0.1:
            s = frame.scale_factor(self.prev_frame)
            delta_z = math.log(s) * 100.0
            view[11] += delta_z
            view[15] -= delta_z
            view[16] -= delta_z

        cmd.set_view(view)

    def on_frame(self, controller):
        frame = controller.frame()

        self.update_view(frame)

        self.prev_frame = frame

listener = PymolListener()

Then run pymol and fetched sample pdb.

iwatobipen$ pymol
# from pymolconsole.
pymol> fetch 1atp
pymol> run test.py

Result is …. It seems work well. Now, I am reading API reference to write code.

An article about PDE2a Inhibitors

I read an article on my way to work in this morning. It was very exciting article for me.
A story about PDE2a inhibitors.

http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jmedchem.6b01793

PDE2a is one of Phosphodiesterase family and be interested in PDE inhibitors for the treatment of CNS disorders.
In the article, the SAR started from HTS hit 3. They got co-crystal structure of compound 7 and the structure indicated that intramolecular hydrogen bonding between amide NH and core scaffold. In consequence the molecule has U shaped conformation. At first, I thought the U shape is key for activity, so it’s difficult to remove amide bond.
But …. It was a mistake! They changed modified around amide bond of compound 9. And it improved potency dramatically! It was interesting for me that conformation of compound 7 and 9 is almost same, even if compound 9 does not have amide NH.(Fig1)

They discussed energy conformation relationship between 7 and 9(Fig4)T. he lowest conformation is bound-sate. I want to know that which do first calculation or synthesis. 😉
Next step the optimized permeability focused on piperidine ring. They introduced fluorine atom on the ring and improved PAMPA-BBB. Lilting SAR♪
Finally they carefully optimized right part and got compound 27 with good PK profile. The compound showed efficiency in vivo model.

The article is not so long, but very impressive for me.

The reason of failures.

I have been working  at a pharmaceutical company as MedChem for over 10 years. The progress of science is remarkable, there are lots of technologies in these area. But Drug Discovery project is still challenging area I think.

An article In nature reviews drug discovery analyzed the reason of failures in Phase II and III. It was informative for me.

http://www.nature.com/nrd/journal/v15/n12/full/nrd.2016.184.html

The author analyzed the reason of failures for the period 2013-2015. Fig 1 shows reason for clinical trial failures 2013-2015. The primary reason of failure in Phase II and III is “Efficacy” ! I think it shows difficulty of translational research. It is hard to translate rodent to human. Second reason is safety in PhaseII and PhaseIII. The proportion of safety reason  decreased in the period 2013-2015 compared with the period 2008-2010 in PhaseIII.

Medicinal Chemistry is challenging work.