Beyond the Ro5!

Recently, I was interested in an article of JMC.
http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.7b00717

The author analyzed in-house compound selection and found rule that Easy-to-understand scouring function AB-MPS.

AB-MPS is defined by following equation.
AB-MPS = Abs( cLogP – 3 ) + NAR + NRB
Where NAR means number of aromatic rings and NRB means number of rotatable bounds.
They found that AB-MPS of beyond the Ro5 compounds shows good correlation with Oral bioavailability (F) and some kinds of ADMET parameters.
It is not true everywhere but I think the parameter is good indicator for medicinal chemist because easy to understand and based on in-house dataset ( for author’s company ). We can make more complex predictive model by using machine learning method, but the method is difficult to understand why these compounds are good.
In house dataset is key factor of its strengths.
I am still thinking about how to collect in-house data and how to use these dataset more efficiently.

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Camp! Asagiri jamboree auto camping ground

当たったらいいねって冗談半分で出したハガキにめでたく当選して、初めてキャンプに行って来ました。道具なんて持ってないですから0から買い揃えましたよ。
テント、タープ、テーブル、食器チョイチョイ、シュラフ、などなど。

初めてのキャンプということで天候が不安でしたが、とても良い天気で風もなく楽しむことができました。私はひどい日焼けになってしまい鼻の頭が真っ赤っかになりました、、、今回はSwen、colemanさんの初心者向け企画だったので、クッカー、食材などは提供していただけるという楽々プラン。

現地でまずは説明書とにらめっこしながらタープとテントを張って、、、
お昼食べて休憩後色々、遊んだり、火起こしやったりとアウトドアを楽しみ、

夕方からはダッチオーブンを使ってポトフを作り、ステーキ焼いて、米炊いて。。
富士山も綺麗にくっきりと見えるし、素敵な感じですね。
今回は現地で食材を提供していただいたのでとても楽チンでした。スタッフの皆様に感謝の限りです。


夜は参加している皆さんで焚き火を囲んで、マシュマロ焼いて食べたりビール飲んだりダンスをしたりと。日常からちょっと離れた雰囲気で家族もみんなとても楽しんでいました。

夜が想定以上に寒く、ちょっと山をなめていたことを反省しつつ、、、次の朝も食材は提供していただきホットサンドとコンスープを食す。寒かったので温かいスープはほんとありがたいですね。

二日目のイベントは火起こし大会。マグネシウムファイヤースターターを使って薪に誰が一番早く火をつけるかという企画です。前日私は散々やったけど全然火がつかなくて当日は応援担当w。結果相方がバッチリ結果を出して2位入賞。

景品ででコールマンのタープをいただきました。(ง°`ロ°)งよっしゃぁぁ‼
みんな楽しんで私も楽しかったのでまた行きたいなと思う今日この頃。

次回までに、、、クッカー欲しい。防寒対策ちゃんと考えるべし。ランタン一個じゃ足らん。出費が増えるばかりだ、、、、
企画、運営をしてくださったスタッフ、関係者の皆様に感謝し日曜の夜が終わるのでした。

LEGO & SCRACH

子供の夏休みに合わせて地元でものづくり体験的なイベントがありました。パン屋さんだったり、銀行だったり、いろんな体験ができます。その中でプログラミングで機械の動作原理を知ろうというセッションがあったので応募したら当選しました。
ということで、子供に体験させてみました。
今回の講座ではLEGO Webdoというレゴブロックを使いました。これはセンサーやモーターがついておりそれらはPC上でコーディングすることでいろんな動作制御が可能です。言語はScrachなので子供でもわかりやすい。
http://www.rika.com/lego/wedo2_1
今回はコマとそれを回すスピナーを作って動かしてみようというものでした。
まずはレゴでコマとスピナーを作ります。
スピナーができてきた↓

コマを作ってそのあとはPCでコード作ります。コードといってもブロックを組み合わせるパターンですので直感的です。
今回のコードは
モーター回す=>音を鳴らす=>スピナーをコマから離したら=>モーター止める。
です。
↓完成して実行するところ

コード書いてもの作って動くまで体験できるって良いですね。
僕のこともの頃はこんなのなかったな。電子工作ではんだこて使って、お風呂の水位センサーとか作ってなった時嬉しかった。もの作って動くと感動するよなぁ。
LEGO奥が深いわ。

家族で旅行に行った話

どちらかというと自分が出不精な性格であまり遠出しないタイプなのですが、この連休は家族や、子供の友達の家族と小田原の方に遊びに行きました。
昨日は小田原のわんぱくランドhttp://www.city.odawara.kanagawa.jp/public-i/park/wanpaku/というところに行ってきました。
駐車料金だけで入場料とかはかからないし、色々遊具があるので、アクティブに遊びたい家族にはいい場所かもと思います。
ただ、昨日は天気良すぎて暑いこと暑いこと、、、一緒になって遊んでるとこっちがやられてしまいそうになってきた。
暑い中ずーっと走り回って遊んで、ホテル行ってからもずっとハイテンションで花火して一瞬で寝てしまったようだ。
今日は今日で朝からプール行って公園行ってずーっと遊び通し。子供が成長して体力がついてくるのと逆にこっちはどんどん体力がなくなってくるのでしんどいしんどい。
負けないように走り込みと筋トレしないと。。。。

Mishima.syk #10に参加した話

 今回で記念すべき10回目となるmishisima.sykに参加してきました。
 私は、機械学習+luigiを使ったパイプラインの話をしました。何かしら参考になる情報が提供できていればいいのですが。
今回は機械学習ネタ、バイオ系のネタ、パイプライン系のネタ、国内創薬業界のアイドルの話、さらにはAI(愛?)の話、美味しいお好み焼きの話など多岐にわたる話題がありました。
発表者の皆様、参加者の皆様、感じの皆様本当にありがとうございました。とても楽しい時間を過ごすことができました。
 今回もいつもながら発表者のプレゼンのクオリティが高くビビりました。面白くかつ本質をビシッと表現できるってのはやっぱり問題の本質をしっかり見据えてかつ、それを理解してないとできないことだと思います。
 私は普段シーケンスとかNGSみたいな仕事に関わることないので、MinIONなど初めて知りました。 あのサイズで、、、技術、科学の進歩ってすごいですね、、、
 有機合成でもFlow ChemistryやLab on chipなどありますし、集積化高速化は研究のキーになるところですかね。
勉強会中も懇親会でも色々と良いお話を聞くことができました。
まだまだ勉強全然たらん。明日から頑張ろうと思います。
また次回も開催したいですね。

ドッジボール

子供の頃ドッジボールよくやりました。最近長男がはまっている。公式ルールがあるなんて知らなかった。
https://www.dodgeball.or.jp/%E3%83%89%E3%83%83%E3%82%B8%E3%83%9C%E3%83%BC%E3%83%AB%E3%81%A8%E3%81%AF/

そして長男くんは最近地区のドッチボールチームに入りました。本格的にやってるチームはアタッカーとか、カッターとか役割もあり当てればいいって雰囲気ではなくしっかりと戦略があるので面白いし、迫力がある。練習しっかりやって成長したら負けそう。

さて、
今日は地域の小学校で予選を勝ち抜いてきたチームの大会でした。
体育館はむちゃくちゃ暑かったが、みんな元気に最後までやってました。朝8時から16時くらいまで、、さらにそのあと公園で遊びだし、、、。

体力すでに負けてそうだ。いや、負けてる、、、

まあ、好きなこと見つけて熱中してくれるといいなと思う。
しかし子供はHPが0になるまで全力で遊ぶなぁ。

自分の仕事はなんぞや

といつもながら考える。
今のご時世、社内に限らず合成のリソースは確保できる。極論言えば、CMOの方が何かと雑多なことがないぶんだけ合成に割く時間が多いような気もします。
もちろん予算の兼ね合いはあるわけですが、in-houseでやるメリットとout sourcing するメリットを冷静に比べて判断することがより求められているご時世かと。
私は大学時代は天然仏前合成にがっつりのめり込んでいて、入社後も実験台好きでやってきましたがもうベンチに立つ時間も(というか全然)ほとんどなくなってしまいました。
かと言って分子設計にがっつり時間使っているかというとそうでもない。
創薬は総合競技。
ちゃんと自分の役割を考えないと、、、
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201210006/abstract