Call rdkit from Ruby

Recently I use web app made with ruby. The app is very useful for me, but there is not chemoinformatics library in ruby. So, I want to find way to use rdkit from ruby. I found some web page that described how to run shell script from ruby. The simplest way is using back quotation.Continue reading “Call rdkit from Ruby”

Advertisement

Lillyのフィルタ

J.Med.Chem. 2012, 55, 9763-9772 Lillyのこれまで積み重ねてきたフィルタに関しての報告です。 ソースコードがGitHubにあがっているので、ちょっと使ってみました。 でインストールはよろしくやってくれます。簡単です。 続いてデータセットの準備をします。CHEMBLからDPP4阻害剤のデータを取ってきました。 入力に使うフォーマットはsmiles tab idにしないとだめなので 今度はPANDASで加工します。 で確認します。 ということでファイルができました。 実際に計算してみましょう 結果はsmiles / id / demerit / detailsのような出力です。 17クラスからなる275のルールから構成されるフィルターで バイオレーションによってDemeritのスレッシュフォルドが決まります。 デフォルトは100でリラックス(ゆるめ)で160をカットオフにしています。 テスト用のデータが4万件くらいでしたが、手元のMBAで数十秒でした。 プロジェクトが進んでからのアプライは???ですが、 市販のセットやHTS用のセットに一度当てるのは面白そうですね。