Call rdkit from Ruby

Recently I use web app made with ruby. The app is very useful for me, but there is not chemoinformatics library in ruby. So, I want to find way to use rdkit from ruby. I found some web page that described how to run shell script from ruby. The simplest way is using back quotation.

Lillyのフィルタ

J.Med.Chem. 2012, 55, 9763-9772 Lillyのこれまで積み重ねてきたフィルタに関しての報告です。 ソースコードがGitHubにあがっているので、ちょっと使ってみました。 でインストールはよろしくやってくれます。簡単です。 続いてデータセットの準備をします。CHEMBLからDPP4阻害剤のデータを取ってきました。 入力に使うフォーマットはsmiles tab idにしないとだめなので 今度はPANDASで加工します。 で確認します。 ということでファイルができました。 実際に計算してみましょう 結果はsmiles / id / demerit / detailsのような出力です。 17クラスからなる275のルールから構成されるフィルターで バイオレーションによってDemeritのスレッシュフォルドが決まります。 デフォルトは100でリラックス（ゆるめ）で160をカットオフにしています。 テスト用のデータが４万件くらいでしたが、手元のMBAで数十秒でした。 プロジェクトが進んでからのアプライは？？？ですが、 市販のセットやHTS用のセットに一度当てるのは面白そうですね。