Make input file for geomeTRIC #openbabel #psi4 #geomeTRIC

geomeTRIC is code for molecular structures geometry optimization. TRIC means translation-rotation-internal coordinate (TRIC) system. As described in their publication, geomeTRIC can optimize molecular geometry rapidly and few iteration numbers. It seems useful for Quantum Chemistry. And geomeTRIC supports many QC engines Q-Chem, TeraChem, Psi4 andMolpro. I like psi4 so I tried to use geomeTRIC withContinue reading “Make input file for geomeTRIC #openbabel #psi4 #geomeTRIC”

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Quantum chemistry calculation with python.

In this weekend, I played molecular design toolkit. https://bionano.autodesk.com/MolecularDesignToolkit/ This is very nice open source tool kit for pythonist I think. At first, I tried to install the TK in OSx directly, but I had some trouble to run the code. So I installed my linux virtual PC. It is not so difficult to installContinue reading “Quantum chemistry calculation with python.”

Fragmentation of molecules.

I often use molecular fragmentation for getting small drug like fragments from any data sources. RECAP, BRICS, or another algorithms are used to do it. RDKit is suite tool to do that. I often use the toolkit. Also I was interested in a tool that named “molBLOCKS” and tried to use it. If reader whoContinue reading “Fragmentation of molecules.”

align-itを使ってみた

以前からファーマコフォアベースで分子をアライメントするツールをささっとかけると 良いな〜って思ってました。 社内リソースを使おうと思うと、ライセンスの限りがあるのでオンデマンドに解析できなかったりするためです。 RDKitでやっている事例があったのでそれを参考に書いてみたのですが、途中でだんだん複雑になってしまい、ちょっとそのまま放置しています。 そこで、もう少し簡単にということでalign-itを使ってみました。 これは前にも紹介したsilicos-itから公開されているオープンソースです。 Openbabelがカバーするフォーマットを入出力に使えるので、特定のフォーマットに変換するという作業から解放されてよいと思います。 インストールはマニュアルに従って でよいと思います。ubuntuにパッケージマネージャーでopenbabel入れてある状態でやると openbabel2 無い。とエラーがでました。どうもパッケージマネージャーではな入らないみたいですのでこの場合は、自分でopenbabelを最初にビルドしてやるといいかと思います。 続いてテスト用のファイルの準備です。 今回は面倒なんでpubchemでEGFR阻害剤のデータ21化合物をとってきました。 二個目の分子をリファレンス(ref.sdf)としてアライメントします。 結果 .pharにはフィーチャー ファーマコフォアの三次元座標 ガウシアン体積のα値 方向性があるかないかのブール値 そのベクトル のタブ区切りがかえってきます。このデータって何で見れるんだろう??? またオプションの -sはスコアを返すので となりそれぞれの列はマニュアルにあるように column Content —— ——————————————————————— 1 Id of the reference structure 2 Maximum volume of the reference structure 3 Id of the database structure 4 Maximum volume of the database structure 5 Maximum volume overlap ofContinue reading “align-itを使ってみた”