IUPAC, CAS_Nameから構造を起こすツールは手元にあるのですが、
ケミストとの視点で考えると使いにくかったり、一般名から構造が起こせると言いな。というニーズはあると思います。
この辺りはOPSINを使うのがいいと思われます。
がとあるところからCIRpyというクールなツールを見つけました。
Chemical Identifier Resolver(CIR)のPython インターフェイスだぜ！ということです。
OPSIN, ChemSpider当たりも入っているぜぃ。
ということで何か惹かれます。
ソースがGitHubにあがっているのでこれをゲットします。
使い方は直感的に行ける感じです。
import cirpy
res = cirpy.resolve("imatinib","smiles")
print res
C5=C(C1=CN=CC=C1)N=C(NC2=C(C=CC(=C2)NC(C3=CC=C(C=C3)CN4CCN(CC4)C)=O)C)N=C5
res = cirpy.resolve("gleevec","smiles")
print res
C5=C(C1=CN=CC=C1)N=C(NC2=C(C=CC(=C2)NC(C3=CC=C(C=C3)CN4CCN(CC4)C)=O)C)N=C5
という感じです。
CASナンバーもさっくりと。
res = cirpy.resolve("imatinib","cas")
print res
'220127-57-1'
その他に
stdinchi
stdinchikey
inchi
smiles
ficts
ficus
uuuuu
hashisy
sdf
names
iupac_name
cas
chemspider_id
mw # Molecular weight
formula
と色々なアウトプットが行けます。
それ以外に、記述子も行けます。
h_bond_donor_count
h_bond_acceptor_count
h_bond_center_count
rule_of_5_violation_count
rotor_count
effective_rotor_count
ring_count
ringsys_count
構造式を落とすこともできますね。
cirpy.download("gleevec", 'test.sdf', 'sdf')
In [87]: cat test.sdf
C30H35N7O4S
APtclcactv01201307062D 0 0.00000 0.00000
77 80 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
5.2698 9.4300 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.6728 7.0000 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.0757 7.8100 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.5377 12.4300 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.6116 4.8100 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.2087 7.2400 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.9407 13.2400 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.2087 4.0000 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.8057 6.4300 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.7456 9.3100 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.3426 11.7400 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.2646 5.2026 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.8660 4.5123 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.7148 9.0831 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.9417 9.9300 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.0948 10.1569 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.9397 10.9300 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.3985 3.7026 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0000 3.0123 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.9532 3.0123 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.5547 3.7026 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.9397 9.3100 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0000 2.2277 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.3985 1.5374 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.5547 1.5374 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.9532 2.2277 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.8566 0.6200 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.4766 0.0000 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.0966 0.6200 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
11.4787 6.2055 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
11.8447 7.5715 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
12.8447 5.8394 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
13.2107 7.2055 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
13.7477 6.8955 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.8067 9.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.6728 7.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.5388 8.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.0747 12.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.0747 5.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.2087 6.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.9407 12.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.2087 4.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.3426 6.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.2087 9.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.3426 11.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.4766 10.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.4766 9.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.4766 4.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.4048 9.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.4766 0.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.6728 9.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.8067 8.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.8067 11.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.5388 9.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.0747 11.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.0747 6.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.2087 10.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.3426 5.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.2097 10.9300 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.4038 7.9300 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
12.3447 6.7055 0.0000 S 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.6106 3.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.3426 3.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.6106 2.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.3426 2.1200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.8067 6.1200 0.0000 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.9407 6.6200 0.0000 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.6728 10.6200 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.9407 7.6200 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.4766 3.6200 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.4766 1.6200 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.9407 10.6200 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.8067 12.1200 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.3426 9.1200 0.0000 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
11.1687 6.7424 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
10.9417 5.8955 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
11.7887 5.6685 0.0000 H 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
31 61 2 0 0 0 0
32 61 2 0 0 0 0
33 61 1 0 0 0 0
30 61 1 0 0 0 0
66 67 2 0 0 0 0
51 68 1 0 0 0 0
53 68 1 0 0 0 0
53 72 1 0 0 0 0
55 72 2 0 0 0 0
52 69 1 0 0 0 0
67 69 1 0 0 0 0
53 73 2 0 0 0 0
41 73 1 0 0 0 0
48 70 1 0 0 0 0
62 70 1 0 0 0 0
63 70 1 0 0 0 0
44 74 1 0 0 0 0
47 74 2 0 0 0 0
64 71 1 0 0 0 0
65 71 1 0 0 0 0
50 71 1 0 0 0 0
51 54 1 0 0 0 0
35 51 2 0 0 0 0
35 52 1 0 0 0 0
36 52 2 0 0 0 0
37 54 2 0 0 0 0
49 54 1 0 0 0 0
55 57 1 0 0 0 0
38 55 1 0 0 0 0
56 67 1 0 0 0 0
39 56 2 0 0 0 0
40 56 1 0 0 0 0
44 57 2 0 0 0 0
45 57 1 0 0 0 0
36 37 1 0 0 0 0
38 41 2 0 0 0 0
42 58 2 0 0 0 0
43 58 1 0 0 0 0
48 58 1 0 0 0 0
39 42 1 0 0 0 0
40 43 2 0 0 0 0
45 46 2 0 0 0 0
46 47 1 0 0 0 0
62 64 1 0 0 0 0
63 65 1 0 0 0 0
33 34 1 0 0 0 0
59 68 1 0 0 0 0
60 69 1 0 0 0 0
1 35 1 0 0 0 0
2 36 1 0 0 0 0
3 37 1 0 0 0 0
4 38 1 0 0 0 0
5 39 1 0 0 0 0
6 40 1 0 0 0 0
7 41 1 0 0 0 0
8 42 1 0 0 0 0
9 43 1 0 0 0 0
10 44 1 0 0 0 0
11 45 1 0 0 0 0
12 48 1 0 0 0 0
13 48 1 0 0 0 0
14 49 1 0 0 0 0
15 49 1 0 0 0 0
16 49 1 0 0 0 0
17 46 1 0 0 0 0
18 62 1 0 0 0 0
19 62 1 0 0 0 0
20 63 1 0 0 0 0
21 63 1 0 0 0 0
22 47 1 0 0 0 0
23 64 1 0 0 0 0
24 64 1 0 0 0 0
25 65 1 0 0 0 0
26 65 1 0 0 0 0
27 50 1 0 0 0 0
28 50 1 0 0 0 0
29 50 1 0 0 0 0
30 75 1 0 0 0 0
30 76 1 0 0 0 0
30 77 1 0 0 0 0
M END
$$$$
これでカレントディレクトリにsdfが落ちます。素敵ですね。
Is life worth living? 