Molecular set profiling with pandas_profiling #RDKit

Molecular descriptors are good indicator for molecular profiling. Visualize and analyze these descriptors are important to have a bird’s-eye view of given molecules set. I often use “pandas” and “seaborn” to do it. Seaborn is powerful tool to make cool visualization but difficult to obtain statistics data. Yesterday, I found interesting tool to analyze pandasContinue reading “Molecular set profiling with pandas_profiling #RDKit”

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mishima.sykに参加した話

第一回目からで通算12回目、振り返れば早5年続いているmishima.sykに参加してきました。 今回も演題が多岐にわたり、かつ、盛りだくさんでとても勉強になりました。参加された他の皆様にも何か得るものがあったことを願っております。 X線、結晶構造解析の話から、ターゲットFindingとKnimeの話、Open source/企業の関わり方、AI創薬の話題、公共DBの最新の話題、webRTCでデバイスとカメラを連動させたアプリ開発の話!うなぎーハモーアナゴのえ!それ知らないっす!って話題からの実践的なPythonの話、ポプテピピック創薬w、寿司と刺身の違い! 面白いだけでなく、先端の情報、サイエンスの情報が盛り込まれていて毎回プレゼンターすげえなって思うわけですよ。mishima.sykすごい。興味ある方は是非ともご参加くださいねw 懇親会も大変美味しい料理と、面白い話を色々と聞けて大満足の1日でした。 私のプレゼンとマテリアルは下記のURLからゲットできます。今回は強化学習の最初の話とLTでcyRESTの話をさせていただきました。LTはファイルを消してしまっていて一番の見せ場で失敗するという失態を犯しましたが、、、、 https://github.com/Mishima-syk/12 強化学習に関してはDQNが世界を沸かせたのも早昔、今では様々なアルゴリズムがどんどこでていますね。論文でてすぐ実装が上がりの繰り返し。何か応用を考えようと思っているうちに世界は先に進んでいる。エキサイティングだけど追っていくのがとても大変。というか私は追えてない。 コンピュータサイエンスはアルゴリズムの進化とマシンリソースがうまく合わさってどんどん進んでいる感じがします。そこで生まれた提案、デザインを現実のものとして生み出すProduction部分もそれについていかないと、全体としての加速は起こらないでしょう。まあAIが100発100中の回答を出せれば別ですが、まだ創薬に関して考えるとそれは難しいかなって思うわけです。これから数年先、メディスナルケミストの役割、姿ってどうなってるんでしょうね。などとあれこれ考えながら週末を終えそうです。 何はともあれ参加者、発表者のみなさまどうもありがとうございました。

New modalities in Drug Discovery #diary

Here is a nice review of recent new modalities in Drug Discovery. https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/acs.jmedchem.8b00378 The article covered wide range of recent technologies. 1. Peptide based drug discovery not only synthetic but also venoms. 2. DELI. 3. New structure for drug discovery partnerships. In the section, the authors well documented about compound sharing (i.e. ELF) and risk-sharing,Continue reading “New modalities in Drug Discovery #diary”

mol2graph and graph2mol #rdkit #igraph

I posted about mol to graph object before. In the blog post, I wrote example that convert RDKit mol object to igraph object. It was one way. There was no method igraph to rdkit mol object. So I wrote very simple converter from graph to molecule. First, import modules. Then define two way function, mol2graphContinue reading “mol2graph and graph2mol #rdkit #igraph”

Recent report #diary

Mishima.syk #12 will be held 23rd this month. ;-) https://connpass.com/event/83396/ I am a little bit busy because of preparing my presentation. My topic of the meeting is basics of reinforcement learning. Reinforcement learning is very powerful method but it is difficult for understanding for me. So it is challenging topic. ;-) This meeting has manyContinue reading “Recent report #diary”