QED calculation on RDKit 2017.09 #RDKit

QED (quantitative estimate of drug-likeness ) is an one of score of drug likeness reported by Hopkins group. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/22270643 The author provided QED calculator for pipeline pilot. So QED could not calculate without pipeline pilot. But, now we can calculate QED by using RDKit! RDKit 201709 was implemented QED descriptor. Seems good, let’s use theContinue reading “QED calculation on RDKit 2017.09 #RDKit”

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New function of RDKit 2017.09 #RDKit

Recently I updated my rdkit env from 201703 to 201709 by using conda. New version of rdkit was implemented cool function named rdRGroupDeompositon. The function enable us to render RGroups as DataFrame. I tried to visualize cdk2.sdf dataset. Code that I wrote is bellow.(using jupyter notebook) Then visualize RGdecomp result. Result is following image. ;-)Continue reading “New function of RDKit 2017.09 #RDKit”

molecule encoder/decoder in deepchem #rdkit #deepchem

Today I updated deepchem in my mac. It was easy to install new version of deepchem on Mac. That’s all. ;-) New version of deepchem is implemented MoleculeVAE. MoeculeVAE generates new molecules by using pre defined model. Deepchem can use pre defined model that was trained with Zinc Dataset. OK let’s run the code. IContinue reading “molecule encoder/decoder in deepchem #rdkit #deepchem”

Beyond the Ro5!

Recently, I was interested in an article of JMC. http://pubs.acs.org/doi/10.1021/acs.jmedchem.7b00717 The author analyzed in-house compound selection and found rule that Easy-to-understand scouring function AB-MPS. AB-MPS is defined by following equation. AB-MPS = Abs( cLogP – 3 ) + NAR + NRB Where NAR means number of aromatic rings and NRB means number of rotatable bounds.Continue reading “Beyond the Ro5!”

Camp! Asagiri jamboree auto camping ground

当たったらいいねって冗談半分で出したハガキにめでたく当選して、初めてキャンプに行って来ました。道具なんて持ってないですから0から買い揃えましたよ。 テント、タープ、テーブル、食器チョイチョイ、シュラフ、などなど。 初めてのキャンプということで天候が不安でしたが、とても良い天気で風もなく楽しむことができました。私はひどい日焼けになってしまい鼻の頭が真っ赤っかになりました、、、今回はSwen、colemanさんの初心者向け企画だったので、クッカー、食材などは提供していただけるという楽々プラン。 現地でまずは説明書とにらめっこしながらタープとテントを張って、、、 お昼食べて休憩後色々、遊んだり、火起こしやったりとアウトドアを楽しみ、 夕方からはダッチオーブンを使ってポトフを作り、ステーキ焼いて、米炊いて。。 富士山も綺麗にくっきりと見えるし、素敵な感じですね。 今回は現地で食材を提供していただいたのでとても楽チンでした。スタッフの皆様に感謝の限りです。 夜は参加している皆さんで焚き火を囲んで、マシュマロ焼いて食べたりビール飲んだりダンスをしたりと。日常からちょっと離れた雰囲気で家族もみんなとても楽しんでいました。 夜が想定以上に寒く、ちょっと山をなめていたことを反省しつつ、、、次の朝も食材は提供していただきホットサンドとコンスープを食す。寒かったので温かいスープはほんとありがたいですね。 二日目のイベントは火起こし大会。マグネシウムファイヤースターターを使って薪に誰が一番早く火をつけるかという企画です。前日私は散々やったけど全然火がつかなくて当日は応援担当w。結果相方がバッチリ結果を出して2位入賞。 景品ででコールマンのタープをいただきました。(ง°`ロ°)งよっしゃぁぁ‼ みんな楽しんで私も楽しかったのでまた行きたいなと思う今日この頃。 次回までに、、、クッカー欲しい。防寒対策ちゃんと考えるべし。ランタン一個じゃ足らん。出費が増えるばかりだ、、、、 企画、運営をしてくださったスタッフ、関係者の皆様に感謝し日曜の夜が終わるのでした。