今年を振り返ってみる

今年も残り２時間くらいになったところ。思い返すと今年は色々な機会や出会いに恵まれていたと思います。 twitterのフォローロフォワーの関係だった方に実際の学会でお会いしたり、ブログを書いていてレスをもらったり。 いうこと聞かないけど子供がだいぶ成長してきたり。 社内的な部分は相変わらずパッとしませんでしたが、対外的な活動ではいろいろとレスをいただきました。感謝しております。 私は一応今の職務は創薬化学研究者という位置付けで仕事をさせていただいています。日々の仕事の中で不平不満があったりするのですが、小さいころから化学が好きだったので今の職につけるということだけでとても恵まれていますよね、、、。 一方で、いろんな方とお話をしたり、業務をしながら創薬科学者の役割って何なんだろうと考える頻度が増えました。昨今、国内外には非常に優秀なCMOが沢山あります。合成に特化したところから、デザインからしてくれるところ、評価してくれるところ、ナドナド。潤沢な予算と、正確な判断ができるのであれば、自分で考えて合成しなくてもいい状況が作れてしまうわけです。しかもコスト燃やすとなった場合、この業界で生き残って行くために必要なことって何なんだろう。 まあ何にせよ、自分も経験つんで、勉強しないと正確な判断できないので、どうであれ足を止めたらそこでアウトでしょう。来年も理解が遅くともぼちぼち勉強を進めようと思います。 また、今年のmishimasykも楽しい話題が盛りだくさんでした。次回はどんな話題がいいでしょうか。社外の方との勉強会はとてもいい刺激になります。 来年も良い出会いがあるといいなあと思います。 皆様にとっても良い一年になることを願いつつそろそろ眠くなったので寝ようかなと。 今年の一番のフォト？フランスストラスブールでの一枚です

Convert rdkit molecule object to igraph graph object.

Molecules are often handled as graph in chemoinformatics. There are some libraries for graph analysis in python. Today, I wrote a sample script that convert from molecule to graph. I used python-igraph and rdkit. RDkit has method to get adjacency matrix from molecule so, I used the method. Code is following. Now test it. Seems

Convert chemical file format .

Recently I knew KCF file format. The format represents molecules as graph structure. And it is used in KEGG. KCF uses atom label and orientation, and bond information. RDKit or Openbabel can not convert sdf 2 kcf. Someone who want to convert sdf to kcf. KEGG site provide us API for file format conversion. Example

D3 based open source data visualization tool ;-)

Some days ago, I posted superset. It was amazing for me. Superset needs database for retrieve data to make visualization. It is difficult to handle database such as Postgres, Oracle, MySQL etc. for medicinal chemist. Today, I found very nice tool for data visualization based on D3.js. The name is ‘raw’. The tool can use

Build regression model in Keras

I introduced Keras in mishimasyk#9. And my presentation was how to build classification model in Keras. A participant asked me that how to build regression model in Keras. I could not answer his question. After syk#9, I searched Keras API and found good method. Keras has Scikit-learn API. The API can build regression model. ;-)

Cool web based data analytical platform

Yesterday, I enjoyed mishima.syk#9. ;-) I hope all participants also enjoyed the meeting. BTY, I found cool platform for data analysis, named “Superset”. https://github.com/airbnb/superset You can see cool review in README.md. If reader who want to install superset, it is very easy. For example in MacOS. Only use pip ! Now you can access localhost:8088.

Quantum annealing for QSAR!

In the chemoinformatics area, it is important to describe molecular similarity. Merit of fingerprint bit vector based similarity calculation is speed I think. But sometime ECFP4 or any other related methods do not sense of chemst feeling. By the way graph based similarity like a MCS is useful but calculation cost is high. You know,

GLARE algorithm using RDKit with python3

Now version of RDKit has many tools. And I interested in the Glare algorithm. https://github.com/rdkit/rdkit/blob/master/Contrib/Glare/glare.py This algorithm is used for good quality library generation from large set of reagents. In the method, key point is pre calculation of reagent properties and sum the value for product. So, It does not need calculate product property on