ケモインフォに使えそうなパッケージをまるっとまとめたVMを作ってみよう。

12月のハンズオンに向けて使いそうなものを一式入れて見るという作業。
なお、virtualbox vagrantはすでに入っているという想定です。
もう、だいぶ僕のインストール力が下がったので環境はanacondaにがっつり依存します。
virtualenvが推奨かもしれませんが今回は直接突っ込みます。
まずベースのOS(ubuntu)を入れて起動しましょう。

iwatobipen$ mkdir chemoinfo_vm
iwatobipen$ cd chemoinfo_vm/
iwatobipen$ vagrant box add ubuntu/chemoinfo https://cloud-images.ubuntu.com/xenial/current/xenial-server-cloudimg-amd64-vagrant.box

しばし待ちます。
サーバーを起動して接続します。

iwatobipen$ vagrant init ubuntu/chemoinfo
iwatobipen$ vagrant up
iwatobipen$ vagrant ssh

仮想環境上にanaconda(今回は3系)を入れてパスを通します。ずっと使うので.bashrcに書いときます。(書いた。)

#VM上の作業
ubuntu@ubuntu-xenial:~$ wget https://repo.continuum.io/archive/Anaconda3-4.2.0-Linux-x86_64.sh
ubuntu@ubuntu-xenial:~$ bash ./Anaconda3-4.2.0-Linux-x86_64.sh
ubuntu@ubuntu-xenial:~$ export "PATH=/home/ubuntu/anaconda3/bin:$PATH"

つづいてハンズオンで使うDLのモジュールと使うかもしれないRDKitをcondaでいれましょう。
バージョンはちょっと古いものになります。がcondaではいる利便性がそれに優っていると考えました。
インストールはそこそこ時間がかかると思います。
Install tensoflow, keras, rdkit 😉
* tensoflow version 0.1
* keras version 1.0.7

# VM上の作業
# Ubuntu/Linux 64-bit, CPU only, Python 3.5
conda install -c conda-forge tensorflow
conda install -c conda-forge keras=1.0.7
#conda install -c rdkit rdkit=2016.03.4</pre>
<pre>#最新バージョンを入れたい方はこちら!!
conda install -c rdkit rdkit=2016.09.2

</pre>
<pre>

sshでつなげているとCUIなので使い勝手を考えてjupyterを外から繋がるようにしましょう。
Vagrantfileの29行目あたりにあるコメントアウトされている部分を有効化してipアドレスを使えるようにします。(これは本体側の設定)
config.vm.network “private_network”, ip: “192.168.33.10”
再起動した後でVM上のjupyter の設定をします。
passwordを設定します。
仮想環境上でipython を起動して下記の要領で設定しましょう。
下記のコマンドを打つとプロンプトがでてきてパスワードが設定できますので適当に入れます。

#VM上の作業
from notebook.auth import passwd
passwd()

でてきた鍵を~/.jupyter/jupyter_notebook_config.pyに書きます。

c = get_config()
# 全てのIPから接続を許可
c.NotebookApp.ip = '*'
c.NotebookApp.password = u'sha1:bcd259ccf...<先ほどの鍵をコピペ>'
#ブラウザは立ち上げない
c.NotebookApp.open_browser = False
# 特定のポートに指定(デフォルトは8888)
c.NotebookApp.port = 8888

ここまで設定したらjupyter notebook を起動して見ましょう。
ノートサーバーが立ち上がります。外部環境から
http://192.168.33.10:8888
にいくとパスワードを聞かれるので入れます。
そうしたらいつもの風景が見えるかと。
いろいろインストールできている確認しましょう。
note_screen shot
だいたい必要なものが入っているかな。。。

Dockerの場合は古いですがまえにDockerhubにそれっぽいのを上げています。
https://hub.docker.com/r/iwatobipen/chemoinfo_test/

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