Generate dataset for deep learning

I discussed with experts about the issue of deep learning in drug discovery. In my understanding, there are two major problems. First, we can’t use large amount of dataset for building model in the early stage of project. Second, we need to find descriptor of molecules for DL. BTW, in the image classification area, thereContinue reading “Generate dataset for deep learning”

RemoteMonitor in keras

There are several packages to perform deep learning in python. And my favorite one is keras. Today, I found new function in keras.callbacks named RemoteMonitor. The function provide real time visualization of learning. So, I wrote very simple example using IRIS dataset. At first to use RemoteMonitor, I need clone api from following URL.Continue reading “RemoteMonitor in keras”

MMPS in rdkit

I like Molecular Matched Pair Analysis because of it’s easy to understand and it is intuitively. Recently P(pair) is extended to S(series) molecular matched series. Developer of openbabel reported MMPS in ACS. And also, they developed application that is implemented MMPS named Matsy. I saw Matsy in JCUP and it was quite impressive forContinue reading “MMPS in rdkit”


12月のハンズオンに向けて使いそうなものを一式入れて見るという作業。 なお、virtualbox vagrantはすでに入っているという想定です。 もう、だいぶ僕のインストール力が下がったので環境はanacondaにがっつり依存します。 virtualenvが推奨かもしれませんが今回は直接突っ込みます。 まずベースのOS(ubuntu)を入れて起動しましょう。 しばし待ちます。 サーバーを起動して接続します。 仮想環境上にanaconda(今回は3系)を入れてパスを通します。ずっと使うので.bashrcに書いときます。(書いた。) つづいてハンズオンで使うDLのモジュールと使うかもしれないRDKitをcondaでいれましょう。 バージョンはちょっと古いものになります。がcondaではいる利便性がそれに優っていると考えました。 インストールはそこそこ時間がかかると思います。 Install tensoflow, keras, rdkit ;-) * tensoflow version 0.1 * keras version 1.0.7 sshでつなげているとCUIなので使い勝手を考えてjupyterを外から繋がるようにしましょう。 Vagrantfileの29行目あたりにあるコメントアウトされている部分を有効化してipアドレスを使えるようにします。(これは本体側の設定) “private_network”, ip: “” 再起動した後でVM上のjupyter の設定をします。 passwordを設定します。 仮想環境上でipython を起動して下記の要領で設定しましょう。 下記のコマンドを打つとプロンプトがでてきてパスワードが設定できますので適当に入れます。 でてきた鍵を~/.jupyter/jupyter_notebook_config.pyに書きます。 ここまで設定したらjupyter notebook を起動して見ましょう。 ノートサーバーが立ち上がります。外部環境から にいくとパスワードを聞かれるので入れます。 そうしたらいつもの風景が見えるかと。 いろいろインストールできている確認しましょう。 だいたい必要なものが入っているかな。。。 Dockerの場合は古いですがまえにDockerhubにそれっぽいのを上げています。

Install redmine in vagrant

I tried to install redmine in VM today, and I got some trouble in this work. How to install redmine…. 1st, install virtual box and vagrant using dmg file.( for osx ) 2nd official document says procedure is very simple just type following command. But I got error. This is because “/opt/vagrant/embedded/bin/curl” doesContinue reading “Install redmine in vagrant”

Dark Chemical Matter (DCM) in screening deck

I was interested in the article, because of the title. “The performance of dark chemical matter in high throughput screening” What is dark chemical matter(DCM) ? The definition of DCM is that compounds, which have been tested and found inactive in 50 or more assays, exhibit hit rates that are comparable to those ofContinue reading “Dark Chemical Matter (DCM) in screening deck”

Molecular Fragmentation for MMPA

Recently I want to develop new MMP service. In this development process, I want to control number of cuts of molecules. Fortunately, RDKit has good function to do it. So, I checked the function. Following memorandum for my self. Read cdk2.sdf from datadir. Check molecules. OK! Go next. rdMMPA.FragmentMol is function for fragmentation molecules. AndContinue reading “Molecular Fragmentation for MMPA”