mishima.syk #8に参加してきました。

　週末に参加してきました。もう８回目になるのですね。毎回楽しい勉強会になり元気をいただきます。幹事、参加者、プレゼンターの方には感謝の気持ちでいっぱいでございます。 　今回は直前でハプニングもあったんですが、資料が素敵だったのでpython (jupyter)の良さが共有できたのではと感じました。有償でも行けると思えるレベルじゃないだろうか。 私も毎度のことながら稚拙なプレゼンをさせていただきまして、一応コードは下記にプッシュしました。８の下が良かったのかもしれないが、、、 https://github.com/Mishima-syk 個人的に新しい取り組みとしてはプレゼンにpreziを使ってみました。そっちに時間かけすぎてしまいましたが、ツールとしては面白いと思いました。あのヌルヌル感が素敵です。 　 　さて、以下答えのない独り言となります。 　アカデミア、企業にかかわらず、研究職といえど、本当に自分が研究したいこと、主務以外にもあれこれとやらなければならいことってありますよね。（私見ですが） 　優秀、有能な人はテキパキっとその辺捌けるので、いろんな仕事が集まるってのも理解できます。あいつに任せればまあ大丈夫でしょうと、信頼があるってのはきっとそれはそれで素晴らしいことだと思う。 　一方で、適材適所、その人の能力を120％発揮してもらおうと思ったら、ちょっとそれではいけないような気もする。もしあなたが経営者だったら、どういった戦略を立てますか？と考えてみる。 勉強会後は沼津バルに参加してワイワイと美味しいものを食べました。 とても楽しい１日でした！ 牡蠣美味しかった！！！ こっちはちょっと、、、、、みりん干しは美味しかったんでその勢いで食べたんですけど、いきなり全力でパンチを食らったくらいのショックがありました。w 明日からまた勉強しよう！

Quantum chemistry calculation with RDKit.

I enjoyed JCUP VII. All presentations were very impressive for me and I interested in psi4 that is open source tool for quantum chemistry. http://www.psicode.org/ Fortunately, I could install psi4 using conda command. It supports only python2.x. If user want to install psi4, just type “conda install -c psi4 psi4 “. That’s all ! Ready

3D shape recognition using DL.

Recognition of 3D object is common task for human but hard for computer. Interesting report was published by researchers work in Princeton University. URL is following. Click to access cvpr2015_wu.pdf They developed 3D shape prediction system named ‘3D ShapeNets’. I was interested the system because it collect image data from one side and then, the

molecular classification using molecular images (failed)

In my opinion, Good Medicinal Chemists has good eye. I think they can classify molecules efficiently. It obvious but almost of them can’t under stand molecular fingerprint. My question is that how do they design molecules, 3D, 2D or their own experiment? If they design molecules based 2D, deep learning is quite useful. Deep learning

Interesting Web app Named ‘ChemTreeMap’ using RDKit.

I like web app because user does not need client soft to use it. I often use cytoscape to visualise molecular network. Network view is very informative. Yesterday, I found cool web app that using RDKit. URL is following. http://ajing.github.io/ChemTreeMap/ The app is an open source application for visualizing molecular networks. If user can use