One of my big challenge was finished in 20th Mar. I participated this contest on an individual basis. I didn’t use any commercial tools. So, I used open source tools like rdkit, theano, etc. It was hard for me to calculate massive numbers of compound’s fingerprint etc. but it was good experience. I’m looking forwardContinue reading “Challenge.”


make html slide.

Sphinx is a tool that makes it easy to create beautiful documentation. I like it. This tool can make not only document but also presentation. Today I made a sample presentation using sphinx extension “hieroglyph“. It can install by using pip or easy_install. And to start a new presentation, only typing hieroglyph-quickstart. Then write yourContinue reading “make html slide.”

PAINS filter using RDKit

PAINS means “Pan Assay Interference Compounds”. There are sets of substructures that appears as frequent hitters in many HTS campaign. Recently new PAINS structures were reported in JMCL. Lots of tools inpremented PAINS substructure filter. For example knime, stardrop, pp or etc…. To avoid false positive, or any other problems, PAINS filter is useful IContinue reading “PAINS filter using RDKit”

Get distance matrix via tibco spotfire.

I often calculate molecular distance matrix or similarity matrix. Distance matrix is useful for visualise molecular similarity but some time it is bother to calculate it. Today I wrote data function that calculate distance matrix for molecular set. There are not native function to calculate that in Spotfire. And RCDK can not install TERR. So,Continue reading “Get distance matrix via tibco spotfire.”

mishima.syk #5に参加した話

某ソフトのユーザー会懇親会からスタートした勉強会も5回目となりました。 mishima.sykに先週参加してきました。 今回はバイオ、ケモ、と大体半々くらいの内容となりました。 そして回を重ねるごとにレベルが上がっている勉強会。 今回もハイレベルでした。でも大変楽しい会でした。  Dockerって自分の印象では、環境をサクッと作って提供すると言ったイメージが強かったので、環境+解析プロセスをセットとして提供して再現性のあるデータにするというコンセプト言われればそうだなってとこですが、あまり意識してなかったんで超勉強になりました。  また、リアクティブプログラミングなど全然知らない世界を垣間見れたのもよかったです。自分では到底できない世界でしたけど、、、  anacondaも前からこれいいなーって思っていながら自分の環境が壊れたらやだなーって思ってなかなか手を出さなかったんですがちょっと触ってみようかなって思いました。  Chemblの話も深い話題が満載で大変参考になりました。  PDF管理ツールの話題も早速入れてみようかなーと思った次第です。patinfo の話題は次につながりそうな感じなので次回も楽しみです。 さらに今回は懇親会でもかなりハイレベルな(?)プレゼンと美味しい料理があり密度の高い1日を過ごせました。私は一次会で飲みすぎてそのまま帰りましたが、分野の垣根を越えて一つの場所に集まってワイワイ話すことができるって素晴らしい。  元気をいただきました♪ 文末ですが  幹事、プレゼンター、参加者のみなさまどうもありがとうございました。  私のプレゼンはslide shareにあげたので興味ある方は見ていただけたらと思います。 どこかにこんな変なことをしているケミストもいるってことで、、、

dance with aromatic atoms.

Think about new scaffold for lead generation process, a strategy is that try to replace aromatic carbon to nitrogen, oxygen, sulfur or vice varsa. I was interested in BMS approach MORPH. This approach was also introduced in ‘chemoinfo cook book‘. I wrote sample code that cyclopaedically replace aromatic atoms. The basic strategy in this codeContinue reading “dance with aromatic atoms.”