convert structure to ppt

I wrote some web apps that gets some data from Database and make table in pptx. Because, I want use my time about research not making pptx. The script uses python-pptx library. Medicinal chemist needs not only data but also structures in pptx, but I couldn’t embed structures in pptx files. I don’t have enoughContinue reading “convert structure to ppt”


 研究の現場では(いやきっとそれ以外の現場だって)日々試行錯誤の積み重ねで何を学び取るかが大事だと思う。 それは個人ベースでもそうだし、組織全体で見ても同じであると思う。  過去の試行錯誤、検討結果、思考プロセスは人に依存している管理ではその人がいなくなった瞬間なかったことになる。 そしてまた繰り返して、あーそれ前やってたわ。みたいなの結構ありがちですね。  自分の職務に差し替えて考えた場合、プロジェクトであるIssueがあって、ケミストがどういった思考を持ってデザインして、乗り越えた。みたいなケース。  その人の近くにいたり部下だったりすれば伝わるのでしょうけど、それ以外の人は意識高くないとキャッチできないんじゃないだろうか。  データと構造だけから思考プロセスを遡るって難しい。でもきっとブレイクスルー、失敗の結果しか残ってないと次に繋げにくいと思うんですよね。 本人、プロジェクトメンバーはもちろん成功してハッピーになるのがいいですし、合わせてその成功プロセスにおける思考を伝わりやすい形で構造化できたらいいなぁ何て漠然と考えています。  うちはそういった仕組みないんですが、他社さんどうなんだろう。

Implementation of machine learning in Spotfire.

Today I coded for functions that predict molecular property using e1071. Following code is almost pure R, but the code get data from Spotifre. So, users don’t need to think about R coding. User can build model and predict data only using spotfire. At first I get sample data in from Bursi Mutagenicity Dataset(link). ConvertContinue reading “Implementation of machine learning in Spotfire.”

ggplot with spotfire

ggplot2 is nice tool for visualise data in R. TIBCO Spotfire does not have density plot function. So, I implemented density plot in spotfire. I did it using RinR function and ggplot2. * This is simple sample. In spotfire data function, I wrote following… “idx” is column name which you want plot In Spotfire’s input tab,Continue reading “ggplot with spotfire”

Make Interactive Cluster Heatmap

Heat map is useful tool to visualise multi parameter not only biology, but also chemoinformatics. I often use spot-fire or R to make it. Last week I found cool javascript library “InCHlib(Interactive Cluster Heatmap library)”. There is good document in this link . I make simple test to use the library. At first, IContinue reading “Make Interactive Cluster Heatmap”