Chembldb@Raspberry pi

Some days ago, i got raspberry pi model B!

raspi
raspi

My system was …. 32GB SD and raspbian (Linux for raspberry pi )
OK let’s set up it !

At first, install ipython, postgresql, rdkit.
RDKit could install using apt. It was very easy.

sudo apt-get install postgresql
sudo apt-get install ipython
sudo apt-get install python-rdkit librdkit1 rdkit-data rdkit-doc

In this method, I could not get rdkit.sql that need to build cardredge for psql.
Hmm….

Next, I made directry for get chembldb and extract tar.gz file.

mkdir chemblpi & cd chemblpi
wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/chembl/ChEMBLdb/releases/chembl_17/chembl_17_postgresql.tar.gz
tar xvf chembl_17_postgresql.tar.gz

Then, make and install database.

$> psql --username=postgres
pgdb=# create database chembl_17;

$> psql --username=postgres chembl_17 < chembl_17.pgdump.sql

Coffee break :-).

….Then chembldb was build.
Next, I set up .bashrc export CHEMBL_URI=”postgresql+psycopg2://:@:>port>/chembl_17″.
And connect chembldb via pychembldb.

from pychembldb import *
query=chembldb.query(Products)
for i in query:
    print i.trade_name

REMICADE
XOLAIR
SYNAGIS
HUMIRA
AVASTIN
MYOBLOC
ERBITUX
ORTHOCLONE OKT3
PEGASYS
PEG-INTRON
ARANESP
EPOGEN
....

raspberry pi was works well ;-).

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