以前からファーマコフォアベースで分子をアライメントするツールをささっとかけると 良いな〜って思ってました。 社内リソースを使おうと思うと、ライセンスの限りがあるのでオンデマンドに解析できなかったりするためです。 RDKitでやっている事例があったのでそれを参考に書いてみたのですが、途中でだんだん複雑になってしまい、ちょっとそのまま放置しています。 そこで、もう少し簡単にということでalign-itを使ってみました。 これは前にも紹介したsilicos-itから公開されているオープンソースです。 Openbabelがカバーするフォーマットを入出力に使えるので、特定のフォーマットに変換するという作業から解放されてよいと思います。 インストールはマニュアルに従って でよいと思います。ubuntuにパッケージマネージャーでopenbabel入れてある状態でやると openbabel2 無い。とエラーがでました。どうもパッケージマネージャーではな入らないみたいですのでこの場合は、自分でopenbabelを最初にビルドしてやるといいかと思います。 続いてテスト用のファイルの準備です。 今回は面倒なんでpubchemでEGFR阻害剤のデータ21化合物をとってきました。 二個目の分子をリファレンス(ref.sdf)としてアライメントします。 結果 .pharにはフィーチャー ファーマコフォアの三次元座標 ガウシアン体積のα値 方向性があるかないかのブール値 そのベクトル のタブ区切りがかえってきます。このデータって何で見れるんだろう??? またオプションの -sはスコアを返すので となりそれぞれの列はマニュアルにあるように column Content —— ——————————————————————— 1 Id of the reference structure 2 Maximum volume of the reference structure 3 Id of the database structure 4 Maximum volume of the database structure 5 Maximum volume overlap ofContinue reading “align-itを使ってみた”