RDKitでQED

QEDはNature Chemistry に報告されている 指標です。 “Quantitative Estimate of Drug-Likeness” (QED) QEDとケミストの得点を比較したデータ等、興味深いデータが乗っています。 SIにpipeline pilotのプロトコールがあるのでppがあればさくっとできますが、同様のことをRDKitでも実現できます。 silicos-it のHPに紹介されているBiscu-itを入れるとよいです。インストールはHPにある通りで $ cd /usr/local/src $ mv ~/Downloads/biscu-it-*.tar.gz . $ sudo tar -xvf biscu-it-*.tar.gz $ cd biscu-it-* で $ python setup.py install 以上 とすると読み込んだSDFのQEDが算出されます。

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